A decisão de prender Roberto Jefferson foi tomada pelo ministro Alexandre de Moraes sem consultar o plenário do Supremo Tribunal Federal. No despacho, o ministro sustenta que o inquérito "apura a atuação de organização criminosa de forte atuação digital e com núcleos de produção, publicação, financiamento e político com nítida finalidade de atentar contra a democracia". A Procuradoria-Geral da República discordou da decisão de Alexandre de Moraes. A prisão teve forte repercussão em Brasília e é vista como um novo capítulo na disputa institucional entre o Supremo e o presidente da República, já que Roberto Jefferson é próximo a Jair Bolsonaro.