O Inema (Instituto do Meio Ambiente e Recursos Hídricos) informou que das praias avaliadas pelo órgão, na Baía de Todos os Santos, três foram consideradas impróprias para banho. Os baianos e turistas devem evitar as praias de Madre de Deus (sob á ponte em Madre de Deus), Cabuçu (em frente às barracas) e Amoeiras (em frente à Pousada de Amoreiras) .
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O diagnóstico das condições de balneabilidade é obtido mediante o recolhimento de amostras, durante cinco semanas, nas praias da Itamoaba, Botelho, Madre de Deus, Bom Jesus dos Pobres, Cabuçu, Itapema, Salinas, Conceição de Salinas, Cairu de Salinas, Encarnação,Mutá, Cações, Cacha Prego, Berlinque, Aratuba, Barra de Tairú, Barra Grande, Conceição, Barra do Pote, Coroa, Vera Cruz, Barra do Gil, Penha, Mar Grande, Itaparica, Ponta de Areia, Amoreiras, Gameleira.
De acordo com resolução do Conama (Conselho Nacional do Meio Ambiente), a praia é considerada imprópria quando mais de 20% das amostras coletadas, em cinco semanas consecutivas, apresentar resultado superior a 1.000 coliformes fecais ou 800 Escherichia coli, ou quando na última coleta o resultado for superior a 2.500 coliformes termotolerantes ou 2.000 Escherichia coli ou 400 enterococos por 100 mL de água.
No período em que o tempo estiver chuvoso, as praias podem ser contaminadas por arraste de detritos diversos, carregados das ruas através das galerias pluviais, podendo causar doenças. Além disso, é desaconselhável, mesmo em dias de sol, o banho próximo à saída de esgotos, desembocadura dos rios urbanos, córregos e canais de drenagem.