Os desdobramentos do Caso Queiroz, que se arrasta desde o início de janeiro de 2018, teve um episódio bastante controverso quando pautou, em 2019, uma discussão do plenário do STF (Supremo Tribunal Federal) acerca da legalidade do inquérito.
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A discussão foi aberta a pedido do presidente do STF, Dias Toffoli, que interrompeu a investigação contra Flávio Bolsonaro e diversos outros processos no país em julho de 2019 questionando a legalidade do uso de dados de órgãos de inteligência. O objeto do julgamento era portanto mais amplo do que o Caso Queiroz em si, mas o afetava diretamente e só foi pautado por sua causa.
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Toffoli colocou em dúvida se órgãos como o Coaf (Centro de Controle de Atividades Financeiras) poderiam repassar, por livre e espontânea vontade, informações a órgãos de investigação, como o Ministério Público do Rio de Janeiro.
Foi isso o que fez o Coaf em janeiro de 2018 ao descobrir transferências estranhas, que chegavam a R$ 1,2 milhão entre 2016 e 2017 e se mostravam incompatíveis com o patrimônio de Fabrício Queiroz, assessor e motorista no gabinete de Flávio Bolsonaro na Alerj (Assembleia Legislativa do Rio de Janeiro).
Se a intenção de Toffoli era sufocar a investigação, não deu certo. Em novembro de 2019, por 10 votos a 1, o plenário decidiu que era constitucional o compartilhamento dos relatórios do Coaf (ou UIF, Unidade de Inteligência Financeira), além de informações da Receita Federal e do Banco Central com polícias e Ministério Público, e não era necessário qualquer autorização judicial para isso.
As únicas ressalvas feitas foram a de que seria necessário resguardar nessa transmissão de informações, que deveria ser feita em um canal oficial, o sigilo dos dados dos investigados e das apurações.
O posicionamento do STF foi tão claro que o próprio Toffoli mudou seu parecer em última hora, abrindo mão das restrições que sugeria ao Coaf. Ele queria, por exemplo, proibir que órgãos de investigação solicitasem dados para uma apuração específica.